Daňový odpočet na výzkum a vývoj

Pod drobnohledem nejvyššího správního soudu

11.3.2025

Daňový odpočet na výzkum a vývoj podle § 34c zákona o daních z příjmů představuje klíčový nástroj nepřímé podpory inovačních aktivit podnikatelů. Toto zákonem vymezené zvýhodnění umožňuje subjektům odečíst náklady na výzkum a vývoj od základu daně, a to v plné výši. Náklady vynaložené na realizaci výzkumu a vývoje mohou být uplatněny dokonce dvakrát, poprvé jako daňově uznatelné náklady podle § 24 odst. 1 a podruhé na základě § 34 odst. 4, jak potvrzuje i ustálená judikatura Nejvyššího správního soudu (NSS). Zároveň však tento mechanismus přitahuje intenzivní kontrolu daňových orgánů, které se snaží zamezit zneužívání této daňové výhody.

Autor článku: ARROWS advokátní kancelář (Mgr. Filip Ondřej, office@arws.cz, +420 245 007 740)

Jak na tuto problematiku aktuálně nahlíží NSS?

NSS ve svém rozsudku ze dne 22. 11. 2024, sp. zn. 5 Afs 56/2024, judikoval přísné požadavky na formální i materiální aspekty projektů výzkumu a vývoje. NSS potvrdil, že projekt výzkumu a vývoje musí mj. jasně definovat prvek novosti, důvod změny, postup řešení možnost vyhodnocení výsledků. Tento rozsudek je nejen precedentním rozhodnutím v oblasti daňového práva, ale především klíčovým ukazatelem, jak mohou daňové orgány přistupovat k odpočtům na výzkum a vývoj v této oblasti v následujících letech.

Právní rámec daňového odpočtu na výzkum a vývoj

Daňový odpočet na výzkum a vývoj byl zaveden s cílem podpořit soukromé investice do inovačních aktivit. Jak však vyplývá z právní úpravy i judikatury, možnost jeho uplatnění podléhá přísným požadavkům, jejichž účelem je eliminovat neoprávněné využívání této výhody.

Základní podmínky daňového odpočtu

Podle § 34c odst. 1 musí projekt výzkumu a vývoje obsahovat:
  • identifikační údaje poplatníka,
  • dobu řešení projektu,
  • cíle projektu,
  • předpokládané náklady,
  • seznam odborných řešitelů,
  • způsob kontroly a hodnocení postupu řešení projektu,
  • den schválení projektové dokumentace,
  • jméno a podpis osoby schvalující projektovou dokumentaci.

Zásadní je také prospektivnost projektu, tedy jeho vypracování před zahájením řešení. Pokud tato podmínka není splněna, nárok na odpočet nevzniká.

Sporné otázky v rozsudku NSS

Společnost uplatnila daňový odpočet na základě dvou projektů. Správce daně však na základě daňové kontroly dospěl k závěru, že projekty nesplňují klíčové formální požadavky, a proto dodatečně doměřil daň z příjmů právnických osob v celkové výši přes 24 milionů Kč.

NSS v rozsudku uvedl čtyři hlavní problematické oblasti:
  1. neprospektivnost projektů,
  2. nejasná a nedostatečná specifikace cílů projektů,
  3. neúplný seznam odborných řešitelů,
  4. společnost neprokázala, že výdaje na výzkum a vývoj vynaložila na činnosti uvedené v § 34b odst. 1.

Neprospektivnost projektů

Klíčovým argumentem orgánu finanční správy bylo, že projekty nebyly vypracovány a schváleny před zahájením výzkumných aktivit, což je zásadní podmínka daňového odpočtu. Orgány daňové správy tuto skutečnost doložily následujícími zjištěními:

  • výroční zpráva za daný rok neobsahovala zmínku o výzkumných aktivitách, přestože projekt měl být formálně schválen v daném roce,
  • projektová dokumentace využívala šablonu poradenské společnosti, se kterou společnost uzavřela smlouvu až v roce následujícím po roce, v němž mělo dojít k údajnému formálnímu schválení projektu,
  • společnost již v minulosti čerpala veřejnou podporu na obdobné projekty, což mohlo svědčit o faktickém zahájení aktivit ještě před formálním schválením projektu.

Společnost v následujícím řízení prospektivnost projektů neprokázala, resp. pochybnosti o prospektivnosti projektů nerozptýlila. NSS se ztotožnil s názorem daňových orgánů, že neprospektivní projekt nelze zpětně validovat a že daňový subjekt měl povinnost pochybnosti správce daně aktivně vyvrátit, což se mu nepodařilo.

Nedostatečné vymezení cílů projektů

Druhým problémem bylo, že jeden z projektů byl definován velmi vágně jako „vývoj nového informačního systému pro podporu obchodních činností v oblasti veřejných služeb“. NSS konstatoval, že projekt:

  • neobsahoval technickou specifikaci výzkumné nejistoty (tedy jaké problémy mají být překonány),
  • chyběla jasná metodologie řešení projektu,
  • nebyla doložena žádná inovativní přidaná hodnota oproti existujícím systémům.

Podobně druhý projekt, jehož cílem byla implementace funkcionalit pro evropskou službu elektronického mýtného, neobsahoval žádné technické informace, které by ospravedlnily, že se jedná o výzkum a vývoj, a ne o pouhý software development.

NSS zdůraznil, že výzkumný projekt musí obsahovat jasně definované cíle, metody a inovativní prvky, jinak není způsobilý k daňovému odpočtu.

Cíl výzkumného a vývojového projektu musí být formulován jasně, aby bylo patrné, v čem spočívá prvek novosti a odstranění technické nejistoty. Z projektu by měl být zřejmý aktuální stav v dané oblasti, důvod nutnosti změny, navrhovaný postup k dosažení cíle a možnost vyhodnocení výsledků. Důležité je také doložit důkazní prostředky a technické informace potvrzující realizaci projektu. Projekt by měl obsahovat časový harmonogram i alternativní řešení pro případ neúspěchu.

Neúplný seznam odborných řešitelů

Podle § 34c odst. 1 písm. e) musí být v projektu uvedeni všichni odborní pracovníci podílející se na řešení. V případě jednoho z projektů však společnost uvedla pouze přibližně čtvrtinu pracovníků, kteří na projektu měli v průběhu řešení podle výkazů skutečně pracovat.

NSS potvrdil, že projekt musí obsahovat kompletní seznam odborných pracovníků již při schválení, nikoliv až zpětně na základě výkazů práce, přičemž neuvedení všech odborných řešitelů je závažná formální vada, která sama o sobě stačí k neuznání odpočtu.

Důsledky rozsudku NSS

NSS ve svém rozsudku potvrdil uplatnění přísných pravidel pro odpočet na výzkum a vývoj, jak tyto pravidla uplatňují orgány finanční správy. Daňové subjekty, které chtějí této daňové výhody využít, musí splnit veškeré náležitosti stanovené zákonem o daních z příjmů a ve světle aktuální rozhodovací praxe NSS nesmí vedle toho zapomenout na

  • důslednou dokumentaci projektů před jejich zahájením,
  • jasně definované a kvantifikovatelné cíle výzkumu a vývoje,
  • kompletní a transparentní evidenci všech řešitelů projektu.

Závěrem

Aktuální rozsudek NSS je zásadním rozhodnutím v oblasti daňového odpočtu na výzkum a vývoj. Ukazuje, že nesplnění, byť jen jediné formální podmínky ve smyslu výše uvedeném vede k neuznání odpočtu, což může pro daňové subjekty znamenat doměření daně (která může být vysoká) a penále.

Pokud plánujete využít institut odpočtu na výzkum a vývoj, rozhodně nepodceňujte formální stránku věci!

Chcete mít jasno v daních pro OSVČ? Mgr. Kotrba si pro vás připravil webinář.

Proč si vybrat právě nás?

Naše služby využívají firmy všech velikostí, protože jim poskytujeme rychlá a efektivní řešení v oblasti smluvní dokumentace. Například:

  • Smlouvy na míru bez zbytečných průtahů: Připravíme pro vás obchodní smlouvy, dohody s dodavateli, pracovní smlouvy i další dokumenty tak, aby odpovídaly vašim potřebám a minimalizovaly rizika.
  • Jasné a srozumitelné podmínky: Navrhujeme smlouvy tak, aby byly praktické, přehledné a snadno použitelné v běžném provozu.
  • Ochrana před právními komplikacemi: Pomáháme klientům předcházet nejasnostem, sporům a nevýhodným podmínkám.

Víme, že administrativní zátěž spojená se smlouvami může brzdit váš byznys. Proto jsme pro vás připravili e-book "Neztrácejte čas se smlouvami", který vám ukáže, jak mít smlouvy pod kontrolou bez zbytečných komplikací.

V e-booku najdete:

✅  Praktické rady, jak si efektivně nastavit smluvní procesy a ušetřit čas.
✅  Konkrétní tipy, jak se vyhnout nejčastějším chybám ve smlouvách.
Ukázku našeho přístupu: jak jednoduše a srozumitelně předáváme odborné znalosti v oblasti smluvní dokumentace.

Neztrácejte čas se smlouvami – my vám pomůžeme nastavit smluvní procesy tak, aby byly rychlé, efektivní a bezpečné.

Napište si o e-book Neztrácejte čas se smlouvami ZDE 

Nechcete tenhle problém řešit sami? Věří nám více než 2000 klientů a jsme oceněni jako Právnická firma roku 2024. Podívejte se ZDE na naše reference.