Daňové dopady fúzí a odštěpení: Jak dodržet pravidla pro daňovou neutralitu při reorganizaci firemních struktur

20.3.2026 | ARROWS advokátní kancelář

Rozhodnutí sloučit dvě společnosti, vyčlenit část podnikání nebo zrestrukturalizovat vlastnickou strukturu přináší zásadní změny v dokumentaci i účetnictví. Často se však podceňuje finanční dopad transakce, která může při nesprávném nastavení zbytečně zvýšit daňové břemeno o miliony korun. Daňové dopady fúzí a rozdělení proto patří k nejkritičtějším tématům, která musí manažeři a podnikatelé řešit.

Ilustrativní snímek zachycuje odborníka konzultujícího daňové dopady fúzí a rozdělení.

Shrnutí v bodech

Daňová neutralita vyžaduje ekonomický smysl. Přeměna společnosti je daňově neutrální, pokud splníte podmínky zákona a existuje řádný ekonomický důvod. Pokud bude transakce motivována výhradně snahou o získání daňové výhody, správce daně ji může překlasifikovat a doměřit daň.
Převzetí daňových ztrát má přísná pravidla. Ačkoliv jednou z výhod fúze může být možnost převzít nevyužité daňové ztráty zanikající společnosti, lze je uplatnit jen proti ziskům ze stejné nebo obdobné činnosti.
Specifika DPH a daně z nemovitých věcí. Z hlediska DPH se nejedná o dodání zboží, ale nástupnická společnost vstupuje do práv a povinností včetně povinnosti úpravy odpočtu daně.
Zákonné lhůty a formality jsou striktní. Projekt přeměny musí být uložen do Sbírky listin obchodního rejstříku včas a účetní závěrky musí být sestaveny ke správným dnům.

Princip daňové neutrality

Při řešení daňových dopadů fúzí a odštěpení je zásadním konceptem daňová neutralita. Jde o princip zakotvený v § 23c zákona o daních z příjmů, podle kterého přechod majetku a dluhů v rámci přeměny nepodléhá okamžitému zdanění daní z příjmů korporací. Nástupnická společnost nepřebírá majetek v jeho tržní ceně, ale pokračuje v odpisování z původních daňových cen.

Princip je velmi atraktivní, protože daňová povinnost se v podstatě odsouvá do momentu, kdy je majetek skutečně prodán.

Existence řádného ekonomického důvodu je však nezbytnou podmínkou. Transakce nesmí mít za hlavní cíl vyhnutí se daňové povinnosti či krácení daně. Pokud finanční úřad zjistí, že jediným důvodem fúze bylo umělé snížení daňového základu bez reálné restrukturalizace podnikání, daňové výhody neuzná a doměří daň spolu s penále a úroky z prodlení.

Typickým varovným signálem pro správce daně je situace, kdy se fúzuje zisková společnost s prázdnou společností vykazující vysoké daňové ztráty, aniž by došlo k jakémukoliv propojení provozních činností.

Za řádný ekonomický důvod se považuje například zjednodušení holdingové struktury, snížení administrativních nákladů nebo oddělení rizikových činností od majetkových. Důležité je, aby tento důvod byl reálný a doložitelný přímo v projektu přeměny.

Související otázky k ekonomickému zdůvodnění přeměny

1. Musím ekonomický důvod formálně deklarovat?
Ano. Ačkoliv to zákon o přeměnách explicitně v každém bodě nevyžaduje jako povinnou náležitost projektu, z daňového hlediska je to nezbytné. Ekonomický důvod by měl být popsán v projektu přeměny nebo ve zprávě o přeměně.

2. Stačí jeden ekonomický důvod?
Ano, pokud je dostatečně silný a prokazatelný. Pokud existuje více důvodů, tím lépe. Pokud je jedním z vedlejších efektů i daňová úspora, není to samo o sobě nezákonné, pokud převažují ekonomické a obchodní důvody.

3. Je každá fúze automaticky kontrolována?
Automaticky ne, ale fúze jsou pro finanční správu signálním momentem. Správce daně vidí zánik subjektu a vznik nástupnictví. U velkých transakcí nebo u fúzí společností s velkými daňovými ztrátami je pravděpodobnost místního šetření vyšší.

Převzetí daňových ztrát

Častým motivem fúzí je převzetí daňové ztráty zanikající společnosti pro snížení daňového základu nástupnické firmy. Zákon (§ 38na zákona o daních z příjmu) se však brání účelovým transakcím. Uplatnění převzaté ztráty proto striktně podmiňuje tím, že nástupnická společnost musí nadále provozovat stejnou podnikatelskou činnost, ze které tato ztráta původně vznikla.

Daňovou ztrátu lze po fúzi uplatnit pouze proti základu daně, který pochází ze stejné nebo obdobné činnosti, jaká byla vykonávána společností, jež ztrátu vygenerovala.

Druhým filtrem je ekonomické opodstatnění. Jak bylo zmíněno výše, pokud je účelem fúze pouze nákup ztráty, nelze ji uplatnit. Správce daně v takovém případě porovnává strukturu tržeb před a po přeměně.

Fúze lhůtu pro uplatnění ztráty neprodlužuje, takže pokud ztráta vznikla v roce 2021, lze ji uplatnit naposledy za rok 2026.

V praxi je nutné provést důkladnou analýzu. Právníci a daňoví poradci z ARROWS advokátní kanceláře před transakcí zajistí prověrku využitelnosti těchto ztrát, aby klient nekupoval zajíce v pytli.

Související otázky k převzetí a uplatnění daňových ztrát

1. Jak se prokazuje stejná činnost?
Porovnávají se příjmy podle klasifikace CZ-NACE a vnitřního účetnictví. Pokud došlo k podstatné změně ve struktuře výnosů, nárok na odpočet ztráty může být omezen nebo zcela vyloučen.

2. Jaký je postih při neoprávněném uplatnění ztráty?
Pokud finanční úřad zpětně neuzná odpočet ztráty, doměří daň z příjmů, předepíše penále ve výši 20 % z doměrku a úrok z prodlení. Částky mohou jít do milionů.

3. Lze požádat finanční úřad o závazné posouzení?
Ano, v případě nejistoty ohledně uplatnění ztráty po přeměně lze požádat místně příslušný finanční úřad (správce daně) o závazné posouzení dle § 38na ZDP. Podléhá to správnímu poplatku (10 000 Kč), ale dává to firmě naprostou právní jistotu.

Rozhodný den a účetní souvislosti

Z hlediska daní a účetnictví je klíčovým momentem tzv. rozhodný den fúze. Od tohoto dne se jednání zanikající společnosti považují z hlediska účetnictví za jednání uskutečněná na účet nástupnické společnosti.

Zanikající společnost sestavuje konečnou účetní závěrku a podává daňové přiznání za období končící dnem předcházejícím rozhodnému dni.

Období od rozhodného dne do dne zápisu fúze do obchodního rejstříku je již součástí účetního a zdaňovacího období nástupnické společnosti. Znamená to, že ačkoliv právně zanikající společnost existuje až do zápisu v rejstříku, daňově a účetně se na ni od rozhodného dne hledí, jako by již byla součástí nástupce.

Nástupnická společnost pokračuje v odpisování započatém původním vlastníkem a nemůže si majetek přecenit a začít odpisovat znovu z vyšší ceny.

Související otázky k rozhodnému dni a daňovým povinnostem

1. Co hrozí při špatně nastaveném rozhodném dni?
Rozhodný den nesmí předcházet dni podání návrhu na zápis fúze do obchodního rejstříku o více než 12 měsíců. Pokud se lhůta nestihne, musí se celá transakce účetně předělat.

2. Jak je to s povinností podat přiznání zanikající společnosti?
Za období před rozhodným dnem musí zanikající společnost podat řádné daňové přiznání. Lhůta je standardní, ale pokud se rozhodný den stanoví zpětně, může být tato lhůta již napjatá.

3. Kdo podává přiznání?
Pokud lhůta pro podání přiznání zanikající společnosti uplyne až po zániku společnosti, povinnost přechází na nástupnickou společnost. Ta musí podat přiznání za zaniklý subjekt.

DPH a daň z nemovitých věcí

Fúze a rozdělení se nepovažují za dodání zboží ani poskytnutí služby, pokud jde o převod obchodního závodu nebo jeho části. Nástupnická společnost se však stává právním nástupcem a vstupuje do všech daňových povinností, včetně automatické registrace k DPH, pokud zanikající společnost byla plátcem.

Pokud nástupce změní účel použití majetku, musí vrátit část dříve uplatněného odpočtu DPH, který si nárokovala zaniklá společnost.

Při fúzi přechází vlastnictví nemovitostí k okamžiku zápisu fúze do obchodního rejstříku, nikoliv až zápisem do katastru. Zápis do katastru má v tomto případě pouze deklaratorní povahu.

Nástupnická společnost musí podat daňové přiznání k dani z nemovitých věcí na příslušný finanční úřad do 31. ledna roku následujícího po roce, kdy došlo k zápisu fúze do obchodního rejstříku.

Přeshraniční fúze a směrnice EU

Přeshraniční přeměny jsou složitější a řídí se zákonem o přeměnách, který transponuje příslušné směrnice EU, zejména tzv. Mobilní směrnici. Z daňového hlediska je cílem umožnit neutralitu i přes hranice, ale uplatňují se zde pravidla pro oznamování přeshraničních uspořádání (DAC 6).

U přeshraničních fúzí se také řeší zdanění při odchodu (exit tax), pokud by v důsledku fúze byl majetek převeden do zahraničí a Česká republika by ztratila právo tento majetek v budoucnu zdanit. V takovém případě by muselo dojít ke zdanění skrytých rezerv ještě před přesunem.

Praktická rizika a nejčastější chyby

Ačkoliv při fúzi dochází k univerzální sukcesi, pro zápis do katastru nemovitostí a pro právní jistotu je nezbytné v projektu přeměny přesně specifikovat nemovité věci. Chyby v parcelních číslech vedou k zamítnutí vkladu do katastru.

Nástupnická společnost se stává plátcem ze zákona dnem zápisu fúze, ale často se zapomene podat přihláška k registraci v zákonné lhůtě.

Mnoho smluv s bankami a dodavateli obsahuje povinnost oznámit změnu ovládání nebo fúzi předem, přičemž porušení může vést k zesplatnění úvěrů. Je nutné prověřit tzv. Change of control doložky.

Dle novely zákona z roku 2024 si znalce vybírají společnosti ze seznamu znalců, což proces zrychluje, ale odpovědnost za správnost ocenění zůstává.

Riziko	Řešení s advokátní kanceláří
Zpochybnění daňové neutrality	Právní a daňová analýza ekonomických důvodů, precizní formulace v projektu přeměny.
Nemožnost uplatnit daňové ztráty	Due diligence daňových ztrát a posouzení testu stejné činnosti.
Sankce za nepodaná přiznání	Harmonogram všech registračních a daňových povinností po zápisu fúze.
Právní vady projektu přeměny	Komplexní příprava projektu dle aktuálního znění zákona č. 125/2008 Sb.

Legislativní rámec a novinky

Právní úprava vychází ze stabilizovaného znění zákona o přeměnách obchodních společností a družstev (zákon č. 125/2008 Sb.), který byl zásadně novelizován v roce 2024. Tato novela zavedla institut vyčlenění (spin-off), kdy rozdělovaná společnost nezaniká, ale vyčleňuje část jmění do nové či existující společnosti výměnou za podíly.

Tato forma je daňově velmi zajímavá pro holdingové restrukturalizace, neboť umožňuje oddělit divize do dceřiných společností bez nutnosti prodeje závodu při zachování neutrality, pokud jsou splněny zákonné podmínky.

Závěrečné shrnutí

Daňové dopady fúzí a vyčlenění vyžadují precizní přístup. Nejde jen o to, zda se transakce zapíše do rejstříku, ale zda ustojí případnou daňovou kontrolu za tři nebo pět let. Daňová neutralita je standardem, nikoliv však právem bez podmínek, a vyžaduje prokazatelný ekonomický smysl a dodržení formálních postupů.

Pokud nechcete riskovat doměrky daní a sankce, svěřte přípravu transakce odborníkům. Právníci z ARROWS advokátní kanceláře se na korporátní přeměny a jejich daňové aspekty specializují a provedou vás celým procesem bezpečně. Kontaktujte nás na office@arws.cz.

Upozornění: Informace obsažené v tomto článku mají pouze obecný informativní charakter a slouží k základní orientaci v problematice dle právního stavu k roku 2026. Ačkoliv dbáme na maximální přesnost obsahu, právní předpisy a jejich výklad se v čase vyvíjejí. Jsme ARROWS advokátní kancelář, subjekt zapsaný u České advokátní komory (náš orgán dohledu), a pro maximální bezpečí klientů jsme pojištěni pro případ profesní odpovědnosti s limitem 400.000.000 Kč. Pro ověření aktuálního znění předpisů a jejich aplikace na vaši konkrétní situaci je nezbytné kontaktovat přímo ARROWS advokátní kancelář (office@arws.cz). Neneseme odpovědnost za případné škody vzniklé samostatným užitím informací z tohoto článku bez předchozí individuální právní konzultace.