Archivace daňových dokladů: Co musíte uchovávat a jak ochránit firmu před sankcemi při kontrole?

Nevíte jistě, které dokumenty musíte v roce 2025 archivovat a které již můžete bezpečně skartovat? V tomto článku naleznete přehledný manuál aktuálních lhůt, praktické rady pro nastavení elektronické auditní stopy a návod, jak ochránit svou firmu před likvidačními pokutami. Přečtěte si, jak konkrétně postupovat, abyste v případě daňové kontroly obstáli na jedničku.

Potřebujete s tématem poradit? Obraťte se na advokátní kancelář ARROWS na e-mail office@arws.cz nebo telefon +420 245 007 740. Váš dotaz rád zodpoví "Mgr. Daniel Půlpán", expert na dané téma.

Archivace jako kritický bod právní bezpečnosti korporace

V prostředí moderního byznysu, kde se toky kapitálu pohybují v řádech milisekund a rozhodnutí managementu mají okamžité globální dopady, bývá oblast archivace dokumentů často trestuhodně podceňována. Mnoho statutárních orgánů, majitelů firem a vrcholových manažerů vnímá archivaci pouze jako logistický problém – otázku „kam s papíry“ nebo „jak velký server koupit“. 

Tato optika je však v současném legislativním klimatu nejen zastaralá, ale představuje přímé ohrožení existence společnosti. Archivace daňových a účetních dokladů není administrativní úkon, je to základní pilíř právní obrany vaší společnosti v případě kontroly, sporu nebo insolvence.

Pokud selže systém archivace, nejedná se pouze o ztrátu papíru či dat. Jedná se o ztrátu důkazního břemene. V momentě, kdy finanční úřad, celní správa, nebo orgány činné v trestním řízení zahájí šetření, stává se váš archiv jediným štítem, který stojí mezi vaším majetkem a státní mocí. Selhání v této oblasti vede k doměření daně pomocí takzvaných pomůcek, což je pro daňový subjekt prakticky vždy ta nejméně výhodná varianta, spojená s maximálními sankcemi.

Advokátní kancelář ARROWS, s více než dvaceti lety zkušeností a portfoliem zahrnujícím přes 150 akciových společností, 250 společností s ručením omezeným a desítky obcí, vidí tyto scénáře denně. Vidíme, jak se zanedbaná povinnost uchovávat doklady mění v trestní stíhání pro zkreslování údajů o stavu hospodaření a jmění (§ 254 Trestního zákoníku). 

Naším cílem není vyvolávat paniku, ale poskytnout vám robustní, odborný a mezinárodně ověřený rámec, který tato rizika eliminuje. Vzhledem k tomu, že ARROWS je pojištěna na škodu až do výše 500 000 000 Kč, představujeme pro naše klienty partnera, který nejen radí, ale nese i reálnou odpovědnost.

Chcete mít jistotu, že vaše firma ustojí jakoukoliv kontrolu? Pro okamžité řešení vaší situace nám napište na office@arws.cz. 

Složitá orientace v legislativě: Kde se skrývají povinnosti a rizika

Orientace v povinnostech archivace je pro laika, a dokonce i pro běžného podnikového právníka, mimořádně složitá. Neexistuje totiž jeden „zákon o archivaci pro firmy“, který by sjednotil všechny lhůty a povinnosti na jedno místo. Legislativa je roztříštěna do mnoha předpisů, které se vzájemně doplňují, ale v některých aspektech i kříží.

Základní právní rámec

Základem je zákon č. 563/1991 Sb., o účetnictví, který definuje základní povinnosti účetních jednotek. Tento zákon stanovuje povinnost vést účetnictví tak, aby bylo správné, úplné, průkazné, srozumitelné, přehledné a způsobem zaručujícím trvalost účetních záznamů. 

Nicméně, pro většinu našich klientů, kteří jsou plátci DPH, je nadřazeným zákon č. 235/2004 Sb., o dani z přidané hodnoty. Ten klade na archivaci daňových dokladů mnohem přísnější nároky, zejména v oblasti prokazování věrohodnosti původu a neporušenosti obsahu.

Dále do hry vstupuje zákon č. 582/1991 Sb., o organizaci a provádění sociálního zabezpečení, který zavádí extrémně dlouhé lhůty pro mzdovou agendu, a zákon č. 499/2004 Sb., o archivnictví a spisové službě, který reguluje proces vyřazování dokumentů (skartace) a komunikaci se státními archivy. Ignorování kteréhokoliv z těchto předpisů otevírá dveře sankcím.

Konflikt lhůt: Proč „10 let“ nestačí

V podnikatelské veřejnosti panuje mýtus, že „vše se archivuje 10 let“. Tato paušalizace je nebezpečná. Lhůty se liší podle typu dokumentu a – co je důležitější – podle běhu promlčecích a prekluzivních lhůt.

Je nutné rozlišovat mezi archivační lhůtou stanovenou zákonem o účetnictví a lhůtou pro stanovení daně dle daňového řádu. Zatímco účetní zákon může říkat 5 let pro účetní doklady, daňový řád umožňuje doměřit daň i po uplynutí této doby, pokud byl učiněn úkon k zahájení daňové kontroly, nebo pokud byla vykázána daňová ztráta. 

V takových případech se lhůta pro archivaci fakticky prodlužuje, a pokud doklady skartujete přesně po 5 či 10 letech, ocitáte se v důkazní nouzi. Jednotlivé kroky, které vypadají jednoduše (např. skartace po 10 letech), mají v reálném světě skryté výjimky a návaznosti na další předpisy, které laik často nevidí.

Potřebujete právní audit vašeho systému archivace, abyste měli jistotu, že splňujete všechny zákonné požadavky i s ohledem na běžící lhůty? Kontaktujte nás na office@arws.cz. 

Více o této službě si můžete přečíst ZDE.

Detailní průvodce retenčními lhůtami: Co a jak dlouho uchovávat

Abychom vnesli do chaosu řád, připravili jsme detailní přehled lhůt pro klíčové typy dokumentů. Tyto lhůty vycházejí z aktuální legislativy platné v roce 2025.

Účetní závěrky a výroční zprávy (10 let a více)

Účetní závěrka je „rodným listem“ a „vysvědčením“ vaší firmy za každý rok. Podle § 31 zákona o účetnictví je nutné uchovávat účetní závěrky a výroční zprávy po dobu 10 let počínajících koncem účetního období, kterého se týkají.

Účetní závěrku za rok 2024 musíte uchovávat minimálně do konce roku 2035. V advokátní praxi však klientům ARROWS doporučujeme uchovávat tyto dokumenty trvale. Slouží jako klíčový podklad při prodeji firmy (Due Diligence), při jednání s bankami o úvěrech nebo při zpětném prokazování historie společnosti pro investory. Ztráta historických závěrek může snížit valuaci společnosti při exitu.

Daňové doklady rozhodné pro DPH (10 let)

Pro plátce DPH je toto kritická kategorie. Zákon o DPH v § 35 a násl. stanovuje povinnost uchovávat daňové doklady po dobu 10 let od konce zdaňovacího období, ve kterém se plnění uskutečnilo.

Zde je nutné zdůraznit riziko spojené s přenesenou daňovou povinností a mezinárodními transakcemi. Pokud obchodujete v rámci EU nebo využíváte režim OSS (One Stop Shop), desetiletá lhůta je absolutním minimem a její porušení může vést k doměření DPH nejen v ČR, ale i v jiných členských státech.

Exportujete nebo využíváte OSS? Zajistíme vám právní poradenství při mezinárodním zdanění a archivaci. Kontaktujte nás na office@arws.cz. 

Účetní doklady a knihy (5 let vs. 10 let)

Zákon o účetnictví stanovuje pro účetní doklady (faktury, pokladní doklady), účetní knihy (deníky, hlavní knihy), odpisové plány a inventurní soupisy lhůtu 5 let.

A zde vzniká nejčastější chyba. Většina faktur je zároveň daňovým dokladem pro účely DPH. Pokud jste plátci DPH, vždy platí delší lhůta, tedy 10 let podle zákona o DPH. Pětiletá lhůta se tak v praxi vztahuje primárně na neplátce DPH nebo na interní doklady, které nemají vliv na DPH. Doporučujeme sjednotit archivační lhůtu na 10 let pro veškeré prvotní doklady, aby nedošlo k omylu při skartaci.

Mzdová agenda (až 45 let)

V oblasti HR a mezd jsou lhůty nejdelší a jejich nedodržení může poškodit vaše zaměstnance při výpočtu důchodu, což může vést k žalobám o náhradu škody, za které jako zaměstnavatel odpovídáte.

• Mzdové listy a evidenční listy důchodového pojištění: Musí se uchovávat 30 let (v některých případech až 45 let pro účely důchodového pojištění).
• Stejnopisy evidenčních listů: 3 roky.
• Podklady pro mzdy (docházka, dovolenky): Zpravidla 3–5 let, pokud neslouží k prokazování nároků na důchod.

Dokumenty trvalé hodnoty

Určité dokumenty nelze zničit nikdy bez výslovného souhlasu státního archivu. Jde o dokumenty kategorie "A" (Archiv), mezi které patří zakladatelské listiny, statuty, zápisy z valných hromad, smlouvy o převodu podílů, patenty, ochranné známky a mimořádná dokumentace o historii firmy. Tyto dokumenty tvoří korporátní paměť a jejich ztráta může znamenat právní zpochybnění samotné existence nebo vlastnické struktury společnosti.

FAQ – Právní tipy k lhůtám

1. Počítá se lhůta od data vystavení faktury?

Nikoliv. Lhůta začíná běžet až koncem účetního (nebo zdaňovacího) období, kterého se doklad týká. Tedy faktura vystavená v lednu 2025 (při kalendářním účetním roce) má začátek archivační lhůty až 1. 1. 2026. Potřebujete nastavit přesný kalendář skartace pro vaše HR a účetní oddělení? Kontaktujte nás na office@arws.cz.

 

2. Co když ztratím účetní doklady před uplynutím lhůty?

Hrozí vám sankce dle zákona o účetnictví (až 3 % či 6 % aktiv), doměření daně pomocí "pomůcek" a v krajním případě trestní stíhání. Ztratili jste doklady? Okamžitě se s námi spojte na office@arws.cz pro krizový management.

Elektronická archivace a auditní stopa: Technická nutnost

Přechod na digitalizaci není volbou, ale nutností. V síti ARROWS International vidíme, že papírové archivy se stávají neudržitelnými pro moderní korporace. Nicméně, digitální archivace přináší specifická rizika. Elektronický dokument je v očích práva mnohem křehčí než papír.

Trojjedinost platného elektronického dokladu

Aby byl elektronický daňový doklad (např. faktura v PDF) uznatelný pro daňové účely i po pěti letech, musí podle zákona o DPH (§ 34) a evropské směrnice splňovat tři kritéria po celou dobu archivace :

 

• Věrohodnost původu (Authenticity): Musíte být schopni prokázat identitu dodavatele.

• Neporušenost obsahu (Integrity): Musíte prokázat, že obsah dokladu nebyl od momentu vystavení změněn ani o jediný bit.
• Čitelnost (Legibility): Doklad musí být čitelný pro člověka po celou dobu uložení (pozor na proprietární formáty, které za 10 let nemusí jít otevřít).

Obraťte se na naše odborníky:

Auditní stopa (Audit Trail): Vaše záchranné lano

Jak zajistit výše uvedené podmínky v praxi? Nejčastějším a námi doporučovaným způsobem je vytvoření spolehlivé auditní stopy.

Auditní stopa je zdokumentovaný tok informací a procesů, který propojuje účetní doklad s reálným plněním. Není to jen samotná faktura, ale řetězec důkazů. Pokud máte pouze fakturu v PDF bez elektronického podpisu, správce daně ji může zpochybnit. Pokud k ní ale doložíte robustní auditní stopu (např. spárování s objednávkou a výpisem z banky v ERP systému), prokazujete, že plnění reálně nastalo. 

Advokátní kancelář ARROWS může pro vaši firmu připravit vnitřní směrnici pro oběh dokladů, která auditní stopu definuje a chrání vás tak při kontrole. Chybí vám směrnice pro oběh dokladů a auditní stopu? Pro přípravu směrnice na míru nás kontaktujte na office@arws.cz. 

Časová razítka a elektronické podpisy dle eIDAS

Pro zajištění neměnnosti (integrity) dokumentů v čase je nejbezpečnějším technickým řešením použití kvalifikovaných elektronických podpisů a kvalifikovaných časových razítek.

Nařízení eIDAS (Nařízení EU č. 910/2014) zavádí celoevropský standard. Kvalifikované časové razítko je kryptografický důkaz, že daný dokument existoval v určitém čase a v určité podobě. Bez časového razítka může po několika letech vypršet platnost certifikátu elektronického podpisu a dokument se stane neověřitelným. To je v očích kontrolora, jako by neexistoval.

Investice do automatizovaného "razítkování" archivovaných faktur je zanedbatelná ve srovnání s rizikem zpochybnění celého účetnictví. Naši IT právníci ve spolupráci s daňovými poradci dokáží posoudit, zda vaše stávající řešení splňuje požadavky nařízení eIDAS.

Riziko a sankce	Jak pomáhá ARROWS
Pokuta dle zákona o účetnictví až 3 % (nově až 6 %) hodnoty aktiv celkem.	Právní audit účetnictví – zkontrolujeme nastavení procesů, identifikujeme slabá místa a ochráníme vás před maximalizací pokuty. Kontaktujte nás na office@arws.cz.
Doměření DPH a ztráta odpočtu – neuznání dokladů = doměření daně + penále + úrok.	Zastoupení při daňové kontrole – převezmeme komunikaci se správcem daně, využijeme judikaturu NSS a budeme bojovat za uznání vašich důkazů. Spojte se s námi na office@arws.cz.
Trestní odpovědnost (§ 254 TZ) při zkreslování údajů o stavu hospodaření a jmění.	Trestní obhajoba – naši specialisté na hospodářskou kriminalitu (White Collar Crime) vás provedou trestním řízením a minimalizují dopady na vaši svobodu a majetek. Napište nám na office@arws.cz.
Ztráta důkazů v obchodním sporu a nemožnost prokázat dodání zboží/služby.	Příprava a revize smluv – zajistíme, aby vaše smluvní dokumentace byla neprůstřelná a správně archivovaná pro případ sporu – napište na office@arws.cz.
Sankce v rámci EU (OSS) a pokuty dle legislativy jiných členských států.	Mezinárodní daňové poradenství – díky síti ARROWS International zajistíme compliance i pro vaše přeshraniční aktivity, to vše na office@arws.cz

 

Změny na obzoru: Nový zákon o účetnictví

Právní prostředí je dynamické a aktuálně se připravuje rekodifikace účetní legislativy, která přinese revoluční změny. Přestože původní očekávání směřovala k roku 2025, legislativní proces nabral zpoždění. Dle aktuálních informací Ministerstva financí se účinnost nového zákona o účetnictví očekává nejdříve 1. ledna 2026 nebo 2027.

I přes odklad je však nutné se připravit na zpřísnění pravidel, a to mj. v podobě vyšších pokut (až 6 % aktiv) a nových povinností týkajících se informací ohledně udržitelnosti (ESG).

Zatímco dosud byla maximální pokuta za určité přestupky stanovena na 3 % hodnoty aktiv, návrh zákona počítá se zvýšením až na 6 % hodnoty aktiv. Tato drakonická změna cílí primárně na velké korporace, ale její dopad pocítí každý subjekt, který hrubě zanedbá své povinnosti.

Velké společnosti budou muset nově archivovat a zveřejňovat i nefinanční informace týkající se udržitelnosti (ESG). Tyto zprávy budou podléhat ověření auditorem a jejich absence nebo chybnost bude sankcionována stejně tvrdě jako chyby v účetnictví. Naši právníci a daňoví poradci sledují legislativní proces nového zákona o účetnictví denně. Připravte svou firmu na změny včas – napište na office@arws.cz. 

Skartační řízení: Jak se legálně zbavit dokumentů

Mnoho firem se domnívá, že po uplynutí 10 let mohou dokumenty prostě naložit do auta a odvézt do sběrny surovin nebo hodit do skartovače. To je zásadní omyl, zejména pokud jste společnost zapsaná v obchodním rejstříku.

Podle zákona o archivnictví jste tzv. soukromoprávním původcem a máte povinnost nabídnout dokumenty k výběru archiválií příslušnému státnímu oblastnímu archivu. Tento proces se nazývá skartační řízení.

Průběh skartačního řízení:

• Skartační návrh: Musíte vypracovat seznam dokumentů k vyřazení a zaslat jej archivu.

• Posouzení archivem: Archiváři určí, které dokumenty mají trvalou historickou hodnotu (např. kroniky firmy, významné smlouvy, projekty unikátních staveb, výroční zprávy) a ty si převezmou do péče státu.

• Skartační souhlas: Teprve po vydání úředního souhlasu archivu můžete zbylé dokumenty (typu běžné faktury) fyzicky zničit.

 

Pokud zničíte dokumenty bez tohoto procesu, hrozí vám pokuta podle zákona o archivnictví. Navíc, v případě sporu nebudete mít "úřední razítko" na to, že jste dokumenty zničili legálně, což může být interpretováno jako snaha zatajit důkazy. 

Tato problematika je v praxi mnohem složitější, než se zdá. Skartační plány, spisové řády a komunikace s archivem vyžadují administrativní kapacitu a znalost spisových znaků. Často se setkáváme s tím, že firmy "zapomenou" na skartační řízení a při likvidaci společnosti zjistí, že nemohou být vymazány z obchodního rejstříku, dokud tuto povinnost nesplní.

Nechte si od nás připravit Skartační řád a zastoupit vás při jednání se Státním archivem. Ušetříte čas a vyhnete se byrokracii. Kontaktujte office@arws.cz. 

Role advokátní kanceláře ARROWS: Vaše bezpečnostní pojistka

Z výše uvedeného je zřejmé, že archivace není jen o "krabicích ve skladu". Je to komplexní právní disciplína prolínající se s daňovým právem, trestním právem, IT bezpečností a mezinárodním právem. Advokátní kancelář ARROWS řeší tuto agendu denně, čímž dokáže klientovi výrazně zkrátit čas a minimalizovat riziko chyb.

Je pro nás klíčové, abyste se mohli soustředit na svůj byznys, zatímco my hlídáme vaše záda. Připomínáme, že advokátní kancelář ARROWS je pojištěna na škodu až do 500 000 000 Kč. Pro klienta je proto bezpečnější nechat věc profesionálně zajistit námi, než riskovat vlastními silami. Běžně jsme i partnery firemních právníků (in-house lawyers) pro řešení speciálních záležitostí, jako je právě nastavení compliance procesů v archivaci.

Riziko	Jak pomáhá ARROWS
Chybějící vnitřní směrnice způsobující rozdíly v archivaci, vznik chaosu, ztráta dokladů, neexistence auditní stopy.	Příprava vnitřních směrnic – nastavíme jasná pravidla oběhu, schvalování a archivace dokumentů na míru vaší firmě, která obstojí před kontrolou. Napište nám na office@arws.cz.
Neoprávněná skartace a zničení dokumentů v rozporu se zákonem o archivnictví nebo před uplynutím lhůty. Pokuta až 250 000 Kč a ztráta důkazů.	Dohled nad skartačním řízením a zajištění komunikace se státním archivem, příprava skartačního návrhu a legální průběh likvidace dokumentů. Kontaktujte nás na office@arws.cz.
Ignorace GDPR a uchovávání osobních údajů (např. životopisy uchazečů, rodná čísla klientů) déle, než je nutné.	GDPR Audit a kontrola, zda vaše archivace není v rozporu s ochranou osobních údajů, nastavíme retenční doby a výmazy dat – napište na office@arws.cz.
Neřešená odpovědnost managementu – členové statutárního orgánu neodpovídají za škodu způsobenou neřádným vedením účetnictví (porušení péče řádného hospodáře).	Školení pro management a právní stanoviska – vyškolíme vaše vedení o právní odpovědnosti a připravíme stanoviska, která chrání rozhodnutí managementu – ozvěte se nám na office@arws.cz.

 

Závěr

Archivace daňových a účetních dokladů není pasivní činnost. Je to aktivní proces řízení rizik a ochrany hodnoty společnosti. V době nastupující digitalizace, zpřísňujících se předpisů a agresivnějších daňových kontrol je spoléhání se na "selský rozum" nedostatečné. Vyžaduje se odborná právní a daňová expertíza.

Pokud nechcete riskovat, že vaše firma doplatí na formální chybu v archivaci, nebo že neunesete důkazní břemeno v daňovém sporu, spojte se s profesionály. V ARROWS International kombinujeme hlubokou znalost českého práva s mezinárodním přesahem a praktickým přístupem k byznysu. V našem portfoliu je více než 150 akciových společností, 250 s.r.o. a 50 obcí a krajů. Zakládáme si na rychlosti a vysoké kvalitě.

Zároveň platí, že umíme klienty propojit mezi sebou v případě, že mají zajímavé investiční nebo obchodní příležitosti. A i my si rádi poslechneme zajímavé podnikatelské či byznysové nápady. V případě, že sháníte v dané oblasti financování či obchodního partnera pro nákup nebo prodej, vyzýváme vás ke kontaktování naší kanceláře – office@arws.cz. 

FAQ – Nejčastější právní dotazy k archivaci daňových dokladů

 

1. Mohu papírové faktury po naskenování skartovat?

Ze zákona nestačí prostý sken. Musíte zajistit věrohodnost původu a neporušenost obsahu nového digitálního dokumentu (např. pomocí kvalifikovaného elektronického podpisu a časového razítka) a proces převodu musí garantovat shodu s originálem, ideálně formou autorizované konverze. Bez těchto kroků se skartací papírového originálu zbavujete jediného platného důkazu. Pro nastavení systému legální digitalizace napište na office@arws.cz.

 

2. Jaká nová povinnost platí od roku 2025 pro nezaplacené závazky a DPH?

Od roku 2025 platí nová povinnost pro dlužníky opravit (vrátit) odpočet DPH u závazků, které nebyly uhrazeny po dobu 6 měsíců od jejich splatnosti. To znamená, že nestačí fakturu jen archivovat, ale musíte sledovat její úhradu v čase. Pokud tuto opravu neprovedete, hrozí vám doměření daně a penále. Nevíte, jak správně nastavit proces kontroly neuhrazených závazků? Napište nám na office@arws.cz. 

 

3. Co mám dělat, když mi vyhořel archiv nebo server a nemám zálohu?

V první řadě je nutné tuto skutečnost řádně zdokumentovat (protokol od policie, hasičů). Následně musíte vyvinout maximální úsilí k rekonstrukci účetnictví – vyžádat si kopie od dodavatelů, banky, odběratelů. Správce daně bude zkoumat, zda jste udělali vše pro obnovu. Pokud ne, hrozí stanovení daně podle pomůcek. Potřebujete právní pomoc při rekonstrukci účetnictví a jednání s úřady? Kontaktujte nás na office@arws.cz. 

 

4. Vztahují se povinnosti archivace i na e-maily?

Ano, pokud e-mail obsahuje obchodní sdělení, objednávku, potvrzení přijetí služby nebo jinou informaci, která je součástí auditní stopy k účetnímu případu, stává se účetním záznamem. Měl by být archivován tak, aby bylo možné jej spárovat s fakturou. Smazání klíčové e-mailové komunikace může vést k neuznání nákladu při kontrole. Chcete revidovat svou směrnici pro IT a nakládání s e-maily? Napište nám na office@arws.cz. 

 

5. Kdy začíná běžet desetiletá lhůta pro archivaci dokladů?

Lhůta nezačíná běžet dnem vystavení dokladu, ale až koncem účetního období (u účetnictví) nebo koncem zdaňovacího období (u DPH), jehož se doklad týká. Pokud máte hospodářský rok posunutý, může se datum výrazně lišit od kalendářního roku. Častou chybou je předčasná skartace v domnění, že "10 let už uběhlo". Nejste si jistí, zda můžete starý rok již skartovat? Napište na office@arws.cz pro analýzu.

 

6. Může ARROWS převzít odpovědnost za nastavení naší archivace?

Ano. Můžeme převzít právní odpovědnost za nastavení procesů, tvorbu směrnic a zastupování při kontrolách. Samotná fyzická nebo digitální archivace zůstává technicky na vás (nebo vašem poskytovateli IT), ale my zajistíme, aby právní rámec byl neprůstřelný a minimalizoval vaše rizika až do výše našeho pojištění 500 mil. Kč. Spojte se s námi na office@arws.cz a získejte právní řešení na míru.

 

Nechcete tenhle problém řešit sami? Advokátní kanceláři ARROWS věří více než 2000 klientů a jsme oceněni jako Právnická firma roku 2024. Podívejte se ZDE na naše reference a bude nám ctí pomoci vám při řešení vašeho problému. Poptávka je zdarma.