V průběhu procesu obrany příjemce dotace proti krácení jeho dotace se nezřídka stává, že ochrana práv příjemce dotace vyžaduje podání správní žaloby proti rozhodnutí poskytovatele dotace o nevyplacení části dotace ve smyslu § 14e zákona č. 218/2000 Sb., o rozpočtových pravidlech a o změně některých souvisejících zákonů (rozpočtová pravidla).
V takovém případě se pak může stát, a to platí zejména v případě „právní samoobsluhy“ ze strany příjemců dotace, že v žalobě označí jakožto žalovaného správní orgán prvního stupně a jako napadené rozhodnutí právě rozhodnutí vydané v prvním stupni. Pakliže tomu tak je, pak správní soudy vydají rozhodnutí o nepřípustnosti žaloby ve smyslu ust. § 68 písm. a) zákona č. 150/2002 Sb., soudní řád správní, ve znění pozdějších předpisů (dále jen „s. ř. s.“) a žalobu tedy usnesením odmítnou.
Takovýto postup se na první pohled může jevit jako správný, nicméně nemusí tomu tak být vždy. Pokud totiž příjemce dotace, coby žalobce, podá žalobu (ve které nesprávně označí žalovaného a napadené rozhodnutí ve smyslu shora uvedeném) až poté, co mu bylo doručeno rozhodnutí odvolacího orgánu, nejedná se o vadu řízení, která by bránila krajskému soudu o takovém návrhu rozhodnout meritorně.
Výše uvedené má oporu v konstantní judikatuře Nejvyššího správního soudu, který ve svém rozhodnutí ze dne 19. 11. 2009, sp. zn. 1 Afs 88/2009 uvádí, že: „Pokud žalobce podá žalobu podle § 65 a násl. s. ř. s. až poté, co mu bylo doručeno rozhodnutí odvolacího orgánu, a pouze nesprávně označí jakožto žalovaného správní orgán prvního stupně a jako napadené rozhodnutí právě rozhodnutí vydané v prvním stupni, je krajský soud povinen o takovém návrhu rozhodnout meritorně s tím, že v souladu s § 69 s. ř. s. jedná jako s žalovaným právě s odvolacím orgánem. Přezkoumává tudíž v prvé řadě odvolací rozhodnutí, které tvoří s rozhodnutím vydaným v prvním stupni jeden celek.“
Pokud tedy krajský soud, coby soud ve správním soudnictví, vydá usnesení o odmítnutí žaloby pro její nepřípustnost, tj. v tomto případě z důvodu, že žalobce nevyčerpal řádné opravné prostředky v řízení před správním orgánem, pak v případě, že příjemce dotace, coby žalobce, pouze nesprávně označil v žalobě napadené rozhodnutí a žalovaného, byť sám všechny řádné opravné prostředky v řízení před správním orgánem vyčerpal, nabízí se podání kasační stížnosti k Nejvyššímu správnímu soudu. Důvod kasační stížnosti je v daném případě dán dle § 103 odst. 1 písm. e) s. ř. s., tedy z důvodu nezákonnosti rozhodnutí o odmítnutí návrhu. V takovém případě mohou být vyhlídky na úspěch v řízení k kasační stížnosti skutečně velké.